De club ontstond vanuit het café Schuttershof in 1966 als FC Schuttershof.

Men had net 11 spelers, net genoeg voor een ploeg.

De eerste clubkleuren waren groen en wit en men ging vriendschappelijk wedstrijden spelen op een B-terrein van Germinal Ekeren.

In oktober 1967 ging men voor het eerst competitiewedstrijden spelen in het Arbeidersvoetbalverbond van België.

De ploeg speelde er acht jaar in de bevorderingsreeksen.

In 1975 verhuisde men naar café De Koperen, de naam werd gewijzigd in FC Ekeren en men ging spelen op nieuwe terreinen aan de Bist.

De club bouwde zelf nog een kantine en kleedkamers.

De clubkleuren waren blauw en geel. In 1978 werd FC Ekeren een vzw.

De ploeg behaalde daarna drie opeenvolgende titels en steeg naar de hoogste afdeling in het verbond waarin men actief was.

De club verbleef er dertien seizoenen en groeide ondertussen uit naar 3 elftallen.

In 1997 maakte de club uiteindelijk de overstap naar KBVB, waar men stamnummer 9306 kreeg toegekend. De clubkleuren werden blauw en wit. De club ging er van start op het allerlaagste niveau, Vierde Provinciale.

In 1998 won Ekeren er al met ruime voorsprong zijn reeks en promoveerde zo naar Derde Provinciale.

Ook daar deed men het goed en in 2000 stootte men al door naar Tweede Provinciale.

Het eerst verblijf duurde er maar een jaar, maar in 2002 keerde de club terug in Tweede Provinciale.

Na een degradatie en aantal jaar in Derde Provinciale leverde een titel in 2011 nogmaals promotie naar Tweede Provinciale op.